용두동교회는 인재양성을 위한 장학사업을 1960년대부터 교회 주요사업으로 결정하고 교회예산에서 장학금을 편성하여 지급하여 왔으며, 1979년 4월 고 김일순장로님께서 장학헌금 1,000만원을 헌금하신 것을 계기로 하여 온 교우들이 참여하여 장학기금을 적립하기 시작하여 지속적인 장학사업을 실시하게 되었습니다.
특히 고 김일순장로님의 뜻에 따라 설립된 경일장학회와 신복순장로님께서 고 고성구장로님을 기리며 기탁하신 신일장학금, 허민자장로님께서 기탁하신 선일장학금, 박재신/김양옥권사님 부부께서 기탁하신 한나장학금 등은 우리 교회의 자랑입니다. 또한 많은 교우들이 회갑, 경조사 등 기념할 만한 일이 있을 때마다 장학헌금을 기탁하여 현재 교회의 총 장학기금은 22억 3,700만원에 이르고 있습니다.
그동안 교회 장학사업은 용두동교회에 소속한 고등학생 및 대학생을 위주로 선발하여 지급하였으나 2014년도부터 경일장학금중 일부를 감리교신학대학교와 협의하여 감리교신학 발전에 기여하는 학자를 지원하고, 국제적인 인재를 양성하기 위해 감리교신학대학교 IGST 프로그램과 연계하여 해외 지도자 양성지원, 감신대 및 대학원에 재학중인 신학생을 지원하도록 장학금 지급대상을 확대하였습니다.
그리고 신일장학금, 선일장학금과 한나장학금은 장학금의 명칭을 부여하여 기부자의 뜻을 반영하여 교회내의 학생을 중심으로 장학금 수여자를 선발하여 지급하고 있습니다. 또한 2014년부터는 매년 2월 둘째 주일을 “용두동교회 장학주일”로 제정하여, 장학사업의 큰 뜻을 용두동교회 온 성도님들과 함께 이어가고 있습니다.